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[국세 예규] 세액공제 요건...지배주주·지배주주 아닌 주주 인수 지분 ‘합산’
[국세 예규] 세액공제 요건...지배주주·지배주주 아닌 주주 인수 지분 ‘합산’
  • 정창영 기자
  • 승인 2024.05.03 06:58
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“피인수법인 기준지분비율 초과하고 인수법인이 보유하면 세액공제 요건 충족”
국세청, 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 적용 여부 사전답변

특정 지배주주로부터 인수한 지분과 특정 지배주주가 아닌 주주로부터 인수한 지분을 합산해 기준지분비율을 초과한 경우 세액공제 요건을 충족한 것이라는 국세청 사전답변이 나왔다.

국세청은 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 적용 여부에 대해 이같이 밝혔다.

국세청은 회신을 통해 “조세특례제한법(2023.12.31. 법률 제19936호로 개정되기 전의 것) 제12조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제)를 적용함에 있어 인수법인이 피인수법인의 소액주주 등 특정 지배주주(특정 지배주주란 같은 법 같은 조 제1항 제4호에 따른 주주 등을 말하며 이하 같음)가 아닌 주주로부터 인수한 지분과 특정 지배주주로부터 인수한 지분을 합산해 같은 법 같은 조 제1항 제2호에 따른 기준지분비율을 초과하고 인수법인이 해당 주식을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유하는 경우 같은 법 같은 조 제1항 제2호의 요건을 충족한 것으로 보는 것”이라고 답변했다.

질의법인(질의법인 또는 인수법인)은 (주)A가 반도체, 디스플레이 및 전자 관련 화학소재 제조사업부문을 인적분할해 설립된 법인이다.

피인수법인은 반도체 소자형성용 박막 재료 생산을 목적으로 사업을 영위하고 있으며 코스닥 시장에서 주식의 매매가 개시됐다.

질의법인은 전략적 파트너십 구축 및 기존 사업과 시너지를 창출하기 위해 2023년 6월부터 2023년 12월에 주식을 매수했다.

질의법인은 소액주주들이 보유한 주식을 시장가로 장내매수 했으며(1차 거래), 이후 디엔에프의 최대주주 외 특수관계인에게 장외 매수를 했다.

질의법인은 주식 최초 취득 시 발행주식 총수의 100분의 30(기준지분비율)을 초과하지 않았으나 사업연도 종료일 현재 지분비율은 30%를 넘어 기준지분비율을 초과했다.

질의법인은 이와 관련해 소액주주 등 특정 지배주주가 아닌 주주로부터 인수한 지분과 특정 지배주주로 부터 인수한 지분을 합산해 기준지분비율을 초과한 경우 조세특례제한법 제12조의4 제1항 제2호 전단의 요건을 충족하는지 여부에 대해 물었다.

현행 조세특례제한법 제12조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제)(현행) 제1항에서는 “내국법인(이하 이 조에서 ‘인수법인’이라 한다)이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 ‘피인수법인’이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 ‘주식 등’이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 그 취득한 주식등이 제2호의 기준지분비율을 최초로 초과하는 사업연도(이하 이 조에서 ‘기준충족사업연도’라 한다)의 법인세에서 공제한다.”고 규정하면서, 제1호에서 “인수법인이 피인수법인의 주식 등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 ‘최초취득일’이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것”, 제2호에서 “인수법인이 최초취득일이 속하는 사업연도 내에 또는 최초취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 종료일까지 취득한 주식 등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 ‘기준지분비율’이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식 등을 기준충족사업연도의 종료일까지 보유할 것”으로 규정하고 있다.

또한 조세특례제한법 제12조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제)(2023.12.31. 법률 제19936호로 개정되기 전의 것) 제1항에서는 “내국법인(이하 이 조에서 ‘인수법인’이라 한다)이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 ‘피인수법인’이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 ‘주식 등’이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로 부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.”고 규정하면서 제1호에서 “인수법인이 피인수법인의 주식 등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 ‘취득일’이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것”, 제2호에서 “인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식 등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 ‘기준지분비율’이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것”으로 규정하고 있다.

이와 함께 제3호에서는 “인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식 등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것”으로 규정하면서 가목에서 “취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130”, 나목에서 “취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식 등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 ‘당초지분비율’이라 한다)”로 규정하고 있다.

또한 제4호에서는 “대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 ‘주주 등’이라 한다)가 해당 주식 등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주 등에 해당하지 아니할 것”으로 규정하고 제5호에서는 “피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것”으로 규정하고 있다.

(사전-2024-법규법인-0131 [법규과-827]. 2024. 04. 05.)

 


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